从目前的情况看，海水养殖珍珠一般为有核养珠，淡水养殖珍珠一般为无核养珠，但也有淡水有核养殖珍珠投入市场。对于有核养殖珍珠，由于珠核的存在，加之珠核主要由贝壳制成，因此，导致有核养殖珍珠与天然珍珠间内部结构和珍珠层结构存在明显的差别。鉴别时可主要根据这种结构差别加以区分，淡水无核养珠与天然珍珠间也在许多方面存在差别。为此，天然珍珠与养殖珍珠的鉴别方法可归纳如下：
（1）肉眼及放大观察：天然珍珠质地细腻，结构均一，珍珠层厚，光泽强，多呈凝重的半透明状，外形多为不规则状，直径较小；养殖珍珠多为圆形、椭圆、水滴形等，直径较大，珍珠层较薄，珠光不及天然珍珠强，表面常有凹坑，质地松散。
（2）强光照明法：天然珍珠看不到珠核与核层条件，无条纹效应；有核养珠可以看到珠核、核条带，大多数呈现条纹效应。
（3）Ｘ射线照相法：天然珍珠劳埃图中出现假六方对称图案斑点；有核养殖珍珠出现假四方对称图案的斑点，仅一个方向出现假六方对称斑点。
（4）紫外线摄影法：天然珍珠阴影颜色较均匀一致；有核养珠在核层与光线垂直情况下，产生深色阴影，仅周边颜色较浅。
（5）荧光法：天然珍珠在X射线下大多数不发荧光；养殖珍珠在X射线下多数发荧光和磷光（蓝紫色、浅绿色等）。
（6）内窥镜法：这种方法使用的是一种空心的金属针，在针的两端装有与针的延长方向成45°角的镜子，并彼此呈90°角，在空心针的一端用强光照射，光线通过第一个镜子反射到珍珠内壁，如果是养珠，光反射到内壁后沿核内平行层传播，一直能穿透薄的珍珠层，使得在显微镜一端看不见光线；如果是天然珍珠，光线射到内壁后，光因全反射而绕珍珠层内传播，最后投射到第二个镜面上，这种情况下，在另一端的显微镜上便能观察到光线的闪烁
（7）磁场法：把圆形珍珠放在磁场内，如果是养珠，其珠核受磁化后，总要转到平行层走向与磁力线平行的方向，而天然珍珠无核，故无此现象
（8）重液法：一般养珠因有珠核，比重较大，天然珍珠较轻，因此，往往在2.71的重液中天然珍珠大都上浮，而养珠普遍下沉。这种方法可能会损伤珍珠层，应谨慎使用。
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